O projekte

Názov projektuVýskumno-vývojové centrum pre vývoj a aplikáciu softvérových platforiem v bioinformatike
AkronymBIONIK
Kód projektu313011B654
PrijímateľClinical Trials Services s.r.o.
PartnerUniverzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach
Kód výzvyOPVaI-VA/DP/2016/1.2.1-02
Operačný programVýskum a inovácie
Spolufinancovaný fondomEurópskym fondom regionálneho rozvoja
Prioritná os1 Podpora výskumu, vývoja a inovácií
Špecifický cieľ1.2.1 Zvýšenie súkromných investícií prostredníctvom spolupráce výskumných inštitúcií a podnikateľskej sféry
Celkové oprávnené výdavky7.660.746,70 €
z toho EFRR – EÚ: 83,32%, EFRR - ŠR: 7,82%; vlastné súkromné zdroje: 9,17%; vlastné verejné zdroje: 0,69%
Dátum začatia a ukončenia projektu08/2017 – 06/2023 (71 mesiacov)
Miesta realizácie projektuSlovensko - Východné Slovensko - Košický kraj - Košice I - Košice - mestská časť Sever
Slovensko - Východné Slovensko - Košický kraj - Košice I - Košice - mestská časť Staré Mesto
Slovensko - Východné Slovensko - Košický kraj - Košice II - Košice - mestská časť Západ

 

Stručný popis projektu

Zámer projektuPodporiť vznik nového „Výskumno-vývojového centra pre vývoj a aplikáciu softvérových platforiem v BIOiNformatIKe“ v podobe fungovania „bioinformatického startup-u“.
Hlavný cieľ projektuUrýchliť rozvoj bioinformatiky a proteomiky, ktoré posilnia exelentnosť výskumu v oblasti lekárskych a biologických vied a prispejú k zníženiu vzniku spoločensky závažných ochorení a ich komplikácií.
Špecifické ciele projektuŠC1: Podporiť tvorbu výskumného konzorcia pre riešenie multidisciplinárneho a excelentného bioinformatického výskumu so zameraním na proteomické problémy v oblasti kardiológie, onkológie a molekulovej biológie.
ŠC2: Posilniť excelentnosť výskumu v oblasti bioinformatiky a spoločnú výskumnú základňu akademickej sféry a podnikateľského sektora pre tvorbu znalostnej ekonomiky.

 

Aktivity projektu

#Názov aktivityTyp výskumuSubjekt
Hlavné aktivity
1Analýza zmien proteómu leukocytov a trombocytov v procese regenerácie a terapie pacientov s akútnym infarktom myokardu s využitím vyvinutej SW platformy základný výskum – schéma štátnej pomociClinical Trials Services s.r.o.
2Realizácia kritického prieskumu metód spracovania proteomických spektrometrických dát a možností integrácie získaných informácií s ďalšími informačnými zdrojmipriemyselný výskum (aplikovaný výskum) – schéma štátnej pomoci)Clinical Trials Services s.r.o.
3Experimentálny vývoj prototypu experimentálnej SW platformy na spracovanie dát a informácií hľadaného proteómuexperimentálny vývoj – schéma štátnej pomociClinical Trials Services s.r.o.
4Vypracovanie metodík na izoláciu a analýzu proteómu trombocytov a leukocytov v periférnej krvi pacientov a aplikácia SW platformynezávislý výskum a vývoj realizovaný mimo schémy štátnej pomociUniverzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach
Podporné aktivity
podporné aktivityClinical Trials Services s.r.o. / Univerzita Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach

 

Výskumná aktivita 1: Analýza zmien proteómu leukocytov a trombocytov v procese regenerácie a terapie pacientov s akútnym infarktom myokardu s využitím vyvinutej SW platformy
Stručný popis: Pacienti, ktorým bola odobraná vzorka krvi bezprostredne po akútnom infarkte myokardu, budú monitorovaní v pravidelných intervaloch s cieľom vyhodnotenia regenerácie po infarkte myokardu a určenia vhodných pacientov na proteomickú analýzu. Počas celého procesu analýzy budú sústavne dodávané podnety k tímu SW špecialistov a inžinierov vyvíjajúcich a uskutočňujúcich kritický výskum SW platformy v rámci VA 2 a VA3. Zároveň pôjde aj o diagnostiku potencionálne nových kardiovaskulárnych rizikových faktorov u pacientov s metabolickým syndrómom/bez metabolického syndrómu po akútnom infarkte myokardu/vo fáze regenerácie a pokúsiť sa stanoviť ich prediktívnu schopnosť. Vzhľadom na uvedené bude požadované vytvorenie kontrolnej skupiny, ktorú budú tvoriť pacienti bez infarktu bez dokumentácie aterosklerotického procesu  v koronárnych artériách.

Výskumná aktivita 2: Realizácia kritického prieskumu metód spracovania proteomických spektrometrických dát a možností integrácie získaných informácií s ďalšími informačnými zdrojmi
Stručný popis: Pôjde o kritické zhodnotenie dostupných SW nástrojov na spracovanie spektrometrických proteomických dát na úrovni proteínov. Následne pôjde o návrh špecifikácií SW nástroja na integráciu a spracovanie celého súboru proteomických dát, pri ktorých sa využije štatistické spracovanie. Nástroj bude implementovaný v rámci VA4 počas optimalizácie metodiky izolácie a analýzy proteómu leukocytov a trombocytov. Spôsoby spracovania predstavujú transformáciu rôznych druhov dát na informácie, ktoré budú analyzované doménovým expertom, resp. expertmi, v tomto prípade minimálne lekárom kardiológom so skúsenosťami v klinickom výskume a odborníkom na funkčnú proteomiku.

Výskumná aktivita 3: Experimentálny vývoj prototypu experimentálnej SW platformy na spracovanie dát a informácií hľadaného proteómu
Stručný popis: Prebehne návrh konkrétnych metód a algoritmov spracovania dát, realizujúcich požiadavky spracovania z VA1 a VA2 a  ich následná implementácia v najvhodnejšom prostredí.  Metodika vývoja SW bude postavená na agilných metódach.

Výskumná aktivita 4: Vypracovanie metodík na izoláciu a analýzu proteómu trombocytov a leukocytov v periférnej krvi pacientov a aplikácia SW platformy vo výskume ochorení
Stručný popis: V prvej fáze realizácie projektu budú laboratória Ústavu lekárskej a klinickej biofyziky Lekárskej fakulty UPJŠ v Košiciach dodávať bioinformatikom a SW inžinierom hmotnostné spektrá získané z laboratórnych bunkových línií nádorových buniek a mezenchymálnych kmeňových buniek na úvodný prieskum a kritické zhodnotenie alternatívnych prístupov spracovania dát. V druhej fáze realizácie projektu vedeckovýskumní pracovníci Ústavu lekárskej a klinickej biofyziky Lekárskej fakulty UPJŠ v Košiciach vyvinú a optimalizujú metodiky pre výskum proteómu trombocytov a leukocytov pacientov s akútnym infarktom myokardu, aby vedeckovýskumní pracovníci Clinical Trials Services s.r.o. mohli uskutočniť kritický prieskum vyvinutej SW platformy na dátach pacientov s akútnym infarktom myokardu. Zároveň vedeckovýskumní pracovníci Ústavu lekárskej a klinickej biofyziky Lekárskej fakulty UPJŠ v Košiciach budú používať vyvinutú SW platformu na výskum vzoriek krvi a moču pacientiek v 4. štádiu karcinómu prsníka, moču pacientov s HPV vírusom, mozgovomiechového moku suicidálnych pacientov, mezenchymálnych kmeňových buniek izolovaných z kostnej drene a chorionovej membrány  na princípe spätnej väzby pre SW špecialistov vyvíjajúcich SW platformu.